Niemand ist sich ganz sicher, wer der erste Samurai war. Historiker haben eine gewisse Vorstellung davon, wann reguläre Krieger begannen, die Eigenschaften der Samurai anzunehmen. Im fünften, sechsten und siebten Jahrhundert n. Chr. gab es in Japan Rivalitäten zwischen Prinzen und Clans sowie Erbfolgekriege, wenn ein Kaiser starb. Die meisten Kämpfe wurden jedoch gegen die Menschen geführt, die auf den japanischen Inseln, den kaiserlichen Japanern, beheimatet waren bezeichnet als emishi oder Barbaren.
Einige Kaiser erkannten, dass die Emishi gute Kämpfer waren, und in späteren Jahren wurden Emishi rekrutiert, um in Schlachten gegen andere Clans oder rebellische religiöse Orden zu kämpfen. Einige der militärischen Taktiken und Traditionen der Emishi wurden von japanischen Soldaten übernommen und später von den Samurai verwendet.
Der Status der Samurai als Eliteklasse rührt von der Ausbreitung mächtiger Familien her, die weit entfernt von der Hauptstadt lebten und ihr Land und ihr Ansehen Jahrhunderte lang von einer Generation zur nächsten weitergaben. Die Mitglieder dieser Kriegerhäuser oder Clans erlangten Adelsstatus.
Barbarische Militärtraditionen kombiniert mit Elitestatus und der kyuba nein michi Kriegercode, um eine Vorlage für die frühesten Samurai zu bilden. Einigen Berichten zufolge tauchte das Wort Samurai erstmals im 12. Jahrhundert auf. Lange Zeit stellten die Samurai die wichtigste militärische Streitmacht gegen Emishi und andere Clans.
In den 1100er Jahren zwei Mächtige Militärclans dienten der Kaiser von Japan: der Taira-Clan und die Minamoto-Clan. Diese beiden Familien wurden erbitterte Rivalen und 1192 führte Minamoto Yoritomo seinen Clan zum Sieg über die Taira. Der Kaiser, das traditionelle Oberhaupt der japanischen Regierung, erklärte Minamoto Yoritomo Shogun, der Chef des Militärs. Yoritomo nutzte jedoch seine neue Macht, um dem Kaiser alle politische Macht zu entziehen, seine Position als Shogun dauerhaft zu machen und eine Militärdiktatur zu errichten, die als bekannt ist bakufu. So wurden die Samurai von Dienern der landbesitzenden Daimyos zu den Herrschern Japans unter den Shogun.
Nachdem Yoritomo starb, seine Frau, MasakoSie wurde Nonne. Durch ihre Familie hatte sie jedoch weiterhin Einfluss auf die Regierung. Obwohl nicht perfekt, ihre Familie, die Hojosbehielt über 100 Jahre lang die Kontrolle über Japan.
Der Ashikaga-Clan entriss den Hojos 1338 die Kontrolle. Die Ashikagas schafften es nicht, eine starke zentrale Autorität in Japan zu schaffen, und die Clans gerieten in ständige Kämpfe. Während dieser Zeit bauten die Daimyo beeindruckende Burgen mit Mauern, Toren und Wassergräben, die es schwierig machten, sie anzugreifen.
Dies sengokuoder Bürgerkriegszeit dauerte bis Tokugawa Ieyaso übernahm 1603 die Kontrolle über Japan. Tokugawa erzwang a strikt isolationistische Politikund behielt die Kontrolle über die Daimyos, indem er ihre Familien zwang, in der Hauptstadt zu leben, während der Daimyo selbst auf seinem Anwesen lebte. Jeder Daimyo musste die Hauptstadt mindestens einmal im Jahr besuchen (Daimyos, die in Ungnade fielen, erhielten Ländereien weit entfernt von der Hauptstadt, was die Reise viel teurer und zeitaufwändiger machte). Diese Politik sicherte die Kontrolle über die Daimyos, da ihre Familien praktisch als Geiseln gehalten wurden und die teuren jährlichen Reisen sie daran hinderten, zu viel wirtschaftliche Macht zu erlangen.
Tokugawa verbot auch allen außer Samurai das Tragen von Schwertern. Alle Schwerter, die Nicht-Samurai gehörten, wurden beschlagnahmt und eingeschmolzen, um Statuen herzustellen. Dies machte die Samurai zu einer sehr eigenständigen und auffälligen Klasse, die über dem gewöhnlichen Bürger stand.
Während Tokugawas erzwungenem Frieden wurden Samurai selten im Kampf eingesetzt. Während dieser Zeit übernahmen die Samurai andere Rollen, eskortierten ihre Herren aus der Hauptstadt hin und her, arbeiteten als Bürokraten im Bakufu und sammelten Tribute in Form von Reiszahlungen von den Vasallen des Daimyo.